A un costado de la Basílica del Señor de Esquipulas, existen las Cuevas de las Minas, lugar que guarda mitos y creencias.

Muchos romeristas creen que fue en este lugar donde fue encontrada la imagen del Señor de Esquipulas, lo cual no es verídico, sin embargo se cree que fue en este lugar en donde se le reveló la imagen al famoso escultor de origen portugués Quirio Cataño, creador de la milagrosa imagen, habiendo firmado el contrato para su creación el 29 de Agosto de 1954.

Las Grutas están a orillas del Río de Los Milagros, denominado así por las múltiples sanaciones que sus aguas han obrado en muchas personas al bañarse en él.

Entre las historias que han contado, se dice que cuando iniciaron los trabajos de la construcción de la Basílica, no se contaban con suficientes recursos económicos, por lo que tuvieron buscar una mina que les proveyera de la plata, que según conocimiento que se tenia, existía en este lugar, siendo así como se explotó dicha mina en lo que hoy son las Cuevas de las Minas.

Sin embargo su forma de cruz la convierte en un lugar único, en donde se conjuga la Fé, Leyenda y Tradición, pues tiene un significado especial para las personas que visitan este lugar.